CORSO DI CHIMICA E BIOCHIMICA
PRIMA FACOLTA' DI MEDICINA E CHIRURGIA - CLUPS DIETISTA; INFERMIERE; TECNICO DI LABORATORIO
SAPIENZA UNIVERSITA' DI ROMA
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BIOCHIMICA 1: STRUTTURA DELLE MOLECOLE BIOLOGICHE
      La biochimica studia i composti chimici e le reazioni chimiche caratteristici degli organismi viventi. In particolare tra i composti daranno considerati in questa sede gli ZUCCHERI, i LIPIDI, gli AMINOACIDI e le PROTEINE, i NUCLEOTIDI e gli ACIDI NUCLEICI. Per cio' che attiene alle reazioni chimiche saranno considerati alcuni esempi di METABOLISMO: glicolisi, β-ossidazione degli acidi grassi, ciclo di Krebs, ciclo dell'urea, biosintesi delle pirimidine. Saranno inoltre considerati i processi della duplicazione del DNA e della sintesi proteica.
GLI ZUCCHERI (o GLICIDI o SACCARIDI o CARBOIDRATI)
      Gli zuccheri o glicidi sono composti importanti per il metabolismo ed hanno (spesso) la formula generale C
n
(H
2
O)
m
. Dal punto di vista chimico sono POLIIDROSSI-ALDEIDI O POLIIDROSSI-CHETONI e possono formare polimeri anche molto grandi. Si distinguono quindi i monosaccaridi (contenenti da 3 a 7 atomio di carbonio) e i polisaccaridi (polimeri dei precedenti contenenti fino a molte migliaia di molecole di monosaccaridi legate tra loro).
      ALDOSI. Gli aldosi sono i monosaccaridi appartenenti alla famiglia delle poliidrossi-aldeidi. Presentano varie forme isomeriche. Ad es.:
      Nella biochimica, oltre alla gliceraldeide (unico aldoso a tre atomi di carbonio) hanno grande importanza il ribosio (un aldopentoso, cioe' un aldoso a cinque atomi di carbonio), il glucosio e il galattosio (due aldoesosi):
      FORME SEMIACETALICHE DEGLI ALDOSI. Gli aldosi con piu' di tre atomi di carbonio possono formare un semiacetale interno alla molecola e assumere una struttura ciclica; questa e' preferita in soluzione acquosa (quindi nelle condizioni dell'organismo). Le forme cicliche degli aldosi possono essere rappresentate con formule analoghe a quelle lineari (rappresentazione di Fischer) o con forme geometriche (in genere esagonali o pentagonali: rappresentazione di Haworth):
      Si deve ricordare che gli aldosi nella forma semiacetalica presentano carboni con ibridazione sp
3
e geometria tetraedrica; pertanto le formule cicliche non assomigliano a poligoni piani; ad esempio il glucosio presenta le configurazioni a sedia e a barca analoghe a quelle del cicloesano.
      CHETOSI. Si chiamano chetosi gli zuccheri che presentano il gruppo funzionale dei chetoni (sempre sul C 2); ne sono esempi il diidrossiacetone, il ribulosio ed i fruttosio:
      Come gli aldosi, anche i chetosi possono dare struuture cicliche in seguito alla formazione di legami semichetalici intramolecolari.
      POLIMERI. Le macromolecole biologiche sono composte da molecole piu' piccole legate tra loro; un composto cosi' costituito e' definito un POLIMERO e le sue unita' costituenti sono definite MONOMERI. Sono caratteristici del polimero il tipo di monomeri, che possono essere tutti uguali tra loro (negli OMOPOLIMERI) oppure soltanto simili (negli ETEROPOLIMERI), ed il legame che unisce i monomeri. Gli zuccheri descritti sopra possono formare omopolimeri ed eteropolimeri. Un esempio di omopolimero di monosaccaridi e' l'AMIDO, costituito da molecole di glucosio tutte uguali tra loro, legate mediante legame glicosidico; un esempio di eteropolimero di monosaccaridi e' dato dagli antigeni AB0 del sangue.
      POLIMERIZZAZIONE TESTA-CODA. Nei polimeri biologici (ed in molti polimeri sintetici), i monomeri hanno una polarita' e si legano tra loro con un legame di tipo testa-coda che mantiene al polimero la stessa polarita' dei monomeri. Questo e' evidente nel legame glicosidico che lega tra loro i monosaccaridi per formare i polisaccaridi: ogni monomero ha un carbonio 1 (C1) e un carbonio 4 (C4) ed il legame e' realizzato in modo tale che il C1 del primo monomero si lega al C4 del successivo ed il polimero risultante mantiene una estremita' con il C1 libero ed una con il C4 libero: C1-X-C4--C1-X-C4--C1-X-C4... Si vede in questo esempio che il monomero ed il polimero hanno la setssa polarita', avendo entrambi una estremita' C1 ed una estremita' C4.
      LEGAME GLICOSIDICO. Il legame caratteristico della polimerizzazione dei glicidi e' il legame GLICOSIDICO, una forma particolare di acetale, che si forma tra il carbonio semiacetalico di una molecola di un monosaccaride in forma ciclica (C1) ed un carbonio qualunque (in gen. C4 o C6, piu' raramente C3) di un altro monosaccaride. Un esempio di legame glicosidico si trova nel maltosio, un dimero di glucosio:
      DISACCARIDI. I disaccaridi sono i piu' piccoli polisaccaridi che si possono formare e sono costituiti da due sole molecole di monosaccaridi. L'organismo umano produce un solo disaccaride, il lattosio, lo zucchero del latte essenziale per l'alimentazione del neonato, ed e' in grado id digerire ed utilizzare oltre al lattosio altri tre disaccaridi eventualmente presenti nella dieta: il saccarosio (lo zucchero da cucina), il maltosio e l'isomaltosio (che derivano dalla digestione dell'amido). Le formule sono le seguenti:
      POLISACCARIDI. Sono importanti sia per il loro valore nutrizionale nella dieta, sia per il loro ruolo di riserva energetica dell'organismo (il glicogeno) o per quello strutturale (ad es. dei polisaccaridi della cartilagine). Il piu' semplice polisaccaride e' l'amido, contenuto in molti alimenti di origine vegetale (farina e derivati):
I LIPIDI E LE MEMBRANE BIOLOGICHE
      I lipidi o grassi costituiscono una classe eterogenea di composti della chimica biologica che condividono la caratteristica di essere poco o per nulla solubili in acqua. Sono classificati come:
cere
gliceridi e fosfogliceridi (esteri del glicerolo)
colesterolo e suoi derivati
derivati della sfingosina: sfingomieline, glicosidi e cerebrosidi.
      I GLICERIDI. I gliceridi sono esteri del glicerolo con acidi grassi (cioe' acidi carbossilici a lunga catena carboniosa); un esempio di trigliceride e' il tri-stearato di glicerolo:
      I SAPONI. Si chiamano saponi i sali degli acidi grassi: ad es. il palmitato di sodio: CH
3
-(CH
2
)
14
-COONa. I saponi si ottengono facendo bollire i trigliceridi in ambiente fortemente basico. In acqua si dissociano negli ioni costituenti e lo ione derivante dall'acido grasso forma aggregati sferici detti micelle, che espongono sulla superficie il gruppo carbossilato, carico e idrofilico, mentre sequestrano al loro interno le code idrofobiche. Le soluzioni acquose dei saponi hanno la proprieta' di realizzare una fase idrofobica (l'interno della micella) dispersa nella fase polare (l'acqua); per questo possono disciogliere i grassi e sono quindi impiegati come detergenti.
      I FOSFOGLICERIDI. I fosfogliceridi sono molecole costituite da glicerolo, due acidi grassi, una molecola di acido fosforico ed un quarto componente (in genere inositolo oppure un aminoalcol scelto tra etanolamina, serina o colina), tutti legati tra loro mediante legami estere. I fosfogliceridi partecipano alla costituzione delle membrane biologiche.
      LE MEMBRANE BIOLOGICHE. Le cellule sono rivestite da membrane costituite da un doppio strato di fosfolipidi, nel quale sono immerse proteine. Il motivo per il quale i fosfolipidi formano le membrane e' connesso col fatto che essi presentano una "testa" polare, che interagisce con l'acqua, e due "code" apolari, che preferiscono interagire tra loro:
      IL COLESTEROLO E I SUOI DERIVATI. I lipidi del gruppo degli steroidi si considerano derivati di un unico precursore comune, policiclico ma non aromatico, non presente nell'organismo, chiamato ciclopentano-peridrofenantrene. Il piu' abbondante composto di questo gruppo nel nostro organismo e' il colesterolo; ma dal colesterolo derivano (mantenendo la struttura del ciclopentano-peridrofenantrene) anche gli ormoni cosiddetti steroidei (tra i quali il cortisolo, l'aldosterone e gli ormoni sessuali quali testosterone, estrogeni e progesterone) e i sali biliari.
GLI AMINOACIDI E LE PROTEINE
      GLI AMINOACIDI. Gli aminoacidi sono molecole organiche che presentano un gruppo carbossilico, un gruppo aminico, un atomo di idrogeno ed un residuo (variabile) legati allo stesso atomo di carbonio, che e' chiamato C
α
. Riporto qui sotto la formula generica dell'aminoacido e tre esempi specifici che differiscono per il residuo:
      IL LEGAME PEPTIDICO. Gli aminoacidi svolgono varie funzioni nel nostro organismo: ad esempio sono i precursori metabolici di vari ormoni e di altre sostanze importanti. La loro funzione fisiologica principale pero' non e' legata alle loro molecole in quanto tali, ma al fatto che essi sono i monomeri costituenti delle PROTEINE, eteropolimeri lineari orientati caratterizzati da uno specifico legame, il LEGAME PEPTIDICO, che interviene tra il gruppo carbossilico di un aminoacido ed il gruppo aminico dell'aminoacido successivo. La proteina presenta quindi un gruppo aminico libero ad una estremita' ed un gruppo carbossilico libero all'altra, mentre tutti gli altri gruppi aminici e carbossilici sono impegnati nei legami peptidici. Il piu' semplice composto che puo' contenere un legame peptidico e' il dipeptide, composto da due soli aminoacidi, come nell'esempio seguente:
      Nel legame peptidico si osserva la delocalizzazione dell'orbitale di legame π tra C, O ed N; questo conferisce al legame peptidico un parziale carattere di doppio legame.
      STRUTTURA DELLE PROTEINE. Le proteine presentano una struttura complessa, descritta secondo quattro livelli di organizzazione successivi:
la struttura PRIMARIA e' datat dalla sequenza degli aminoacidi, a partire dall'estremita' amino-terminale della catena polipeptidica ; ad es. NH
2
-Val-...-Arg-COOH.
La struttura SECONDARIA e' dovuta al ripiegamento della catena polipeptidica su se stessa, causato dallo stabilirsi di legami idrogeno tra i gruppi NH e CO del legame peptidico; puo' essere periodica, con le forme della spirale (detta α-elica) o del foglietto β (fatto di segmenti lineari contrapposti); oppure non periodica. Dal punto di vista della chimica organica le forme assunte dalla catena polipeptidica nelle sue strutture secondarie sono specifici tipi di isomeri conformazionali.
La struttura TERZIARIA e' data dal ripiegarsi su se stessi di segmenti a struttura secondaria periodica e da alla macromolecola la sua forma tridimensionale che puo' essere globulare o fibrosa (allungata).
La struttura QUATERNARIA e' data dall'eventuale aggregazione in un'unica proteina di piu' catene polipeptidiche, ciascuna con le sue strutture primaria, secondaria e terziaria. Non tutte le proteine presentano struttura quaternaria.
      Come esempio di strutture secondaria e terziaria si puo' considerare la struttura tridimensionale della mioglobina, una piccola proteina di circa 150 aminoacidi presente nei muscoli:
      FUNZIONI DELLE PROTEINE. Una tipica proteina puo' essere formata da 100-1000 aminoacidi e presentarsi come una sfera piu' o meno irregolare del diametro di 50-100 Angstroms, a causa del ripiegamento ordinato della catena polipeptidica. Questo comporta che i residui di aminoacidi, anche lontani nella sequenza, possono trovarsi tra loro vicini ed orientati in modo preciso. Si vengono cosi' a creare all'interno delle proteine cavita' rivestite dai residui degli aminoacid, nelle quali possono legarsi molecole diverse, piccole o grandi.
      Le funzioni svolte dalle proteine nel nostro organismo sono importantissime e sono dovute proprio alla capacita' di interagire reversibilmente con altre molecole; citiamo a titolo di esempio:
l'attivita' enzimatica
le funzioni di trasporto
le interazioni ormone-recettore e antigene-anticorpo
      Molte delle funzioni svolte dalle proteine nel nostro organismo si basano sulla loro capacità di
riconoscimento molecolare
: la proteina, che e' una molecola molto grande, presenta sulla sua superficie una cavita' che puo' accettare al suo interno una molecola piu' piccola, di forma complementare; sono invece escluse quelle piccole molecole che non presentano una forma esattamente complementare alla cavita'. La natura dei residui aminoacidici nella cavita' della proteina (polari, non polari, carichi positivamente o negativamente, etc.) impone ulteriori criteri di selezione.
NUCLEOTIDI E ACIDI NUCLEICI
      Gli acidi nucleici, che contengono e trasmettono l'informazione genetica, sono eteropolimeri lineari orientati di nucleotidi. Esistono due tipi di acidi nucleici: l'acido RIBONUCLEICO (RNA) e l'acido DESOSSIRIBONUCLEICO (DNA).
      I NUCLEOTIDI sono molecole complesse, costituite da uno zucchero (il ribosio o il desossiribosio), una base azotata, derivata dalla purina o dalla pirimidina, ed una molecola di acido fosforico:
      In ciascun tipo di acido nucleico sono presenti quattro tipi di basi azotate, dei quali tre sono in comune tra RNA e DNA. Le quattro basi dello RNA sono: uracile (U), citosina (C), adenina (A) e guanina (G). Le quattro basi del DNA sono: timina (T), citosina (C), adenina (A) e guanina (G). Adenina e guanina sono le basi puriniche (la purina e' un eterociclico aromatico formato da due anelli condensati, uno a 6 atomi e uno a 5 atomi); uracile, timina e citosina sono le basi pirimidiniche (la pirimidina e' un eterociclico aromatico con un solo anello a 6 atomi). Timina e uracile si assomigliano molto: in pratica la timina e' metil-uracile. Le formule chimiche delle basi azotate sono le seguenti:
      Lo zucchero presente nei nucleotidi che costituiscono lo RNA e' il ribosio un aldoso a 5 atomi di carbonio; quello presente nei nucleotidi che costituiscono il DNA e' il 2-desossi ribosio. Entrambi possono formare strutture semiacetaliche, cicliche, che per la loro rassomiglianza con il tetraidrofurano (un eterociclico non aromatico) sono chiamate strutture furanosiche:
      I componenti del nucleotide si legano tra loro in questo modo: la base azotata si lega al C1' dello zucchero con un legame N-glicosidico (analogo al legame glicosidico dei polisaccaridi ma formato con un atomo di azoto al posto dell'ossigeno); l'acido fosforico al C5' dello zucchero con legame di tipo estere fosforico. Per distinguere i carboni dello zucchero da quelli della base azotata si usa la seguente convenzione: i C della base azotata sono numerati come C1, C2, etc.; quelli dello zucchero come C1', C2' etc. (e si legge C1 primo, C2 primo etc.). I nulceotidi che contengono il ribosio sono chiamati ribonucleotidi, quelli che contengono il desossiribosio desossiribonulceotidi.
      Il DNA e' un polimero di desossiribonucleotidi; lo RNA e' un polimero di ribonucleotidi. Per formare il polimero, i nucleotidi devono essere dello stesso tipo (o ribonucleotidi o desossiribonucleotidi) e devono formare tra loro un legame di tipo diestere fosforico che coinvolge oltre al C5' anche il C3' dello zucchero successivo nella catena. Il polimero risultante ha una estremita' C5' ed una C3' ed e' quindi un polimero lineare orientato:
      ACCOPPIAMENTO DELLE BASI AZOTATE. Due proprieta' fondamentali degli acidi nucleici sono le seguenti:
1) la sequenza dei nucleotidi del DNA o dello RNA e' LIBERA: infatti la base azotata non partecipa allo scheletro del polimero, che e' costituito da una successione di molecole di acido fosforico e ribosio.
2) Le basi azotate possono accoppiarsi tra loro mediante due sole coppie: A con T (nello RNA A con U; ovviamente sono possibili anche le coppie inverse T con A o U con A) e G con C (e la sua inversa C con G); questo perche' la coppia AT forma due legami idrogeno (A = T), mentre la coppia GC ne forma tre e con polarita' diversa (G ≡ C).
      Grazie all'accoppiamento delle basi azotate il DNA (ma non lo RNA) e' costituito da due polimeri complementari, chiamati filamenti, disposti in senso inverso per la polarita' C3'-C5', accoppiati tra loro e arrotolati a spirale (doppia elica):
 
C5'
C3'
...
...
A =
T
T =
A
C ≡
G
G ≡
C
...
...
C3'
C5'
Domande (la risposta e' obbligatoria se e' stata attivata la registrazione elettronica della presenza)
1) I gruppi funzionali degli zuccheri sono:
aldeidici o chetonici e alcolici
aldeidici o carbossilici e alcolici
carbossilici e alcolici
2) Le proteine sono
omopolimeri di aminoacidi
eteropolimeri di aminoacidi
eteropolimeri di nucleotidi
3) I componenti dei nucleotidi sono:
glucosio o desossiglucosio, base azotata, acido fosforico
ribosio o desossiribosio, base azotata, acido fosforico
ribosio o desossiribosio, aminoacido, acido fosforico
4) I principali componenti delle membrane biologiche sono
trigliceridi
fosfogliceridi
polinucleotidi
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Come sono disposti gli elettroni del carbonio?
Il carbonio ha in tutto 6 elettroni, 2 nell'orbitale 1s, 2 nell'orbitale 2s e 2 negli orbitali 2p.
Pertanto la sua costituzione elettronica si esprime come: 1s
2
2s
2
2p
2
.
Qual e' la definizione di concentrazione di una soluzione?
Si definisce concentrazione di una soluzione il rapporto tra la quantita' di
soluto (in grammi, mL o moli) e la quantita' di soluzione (di solito espressa in dL o L)
Che cos'è l'energia di legame?
L'energia di legame tiene uniti due atomi tra i quali si instaura un orbitale
di legame (o n legame elettrostatico) e viene emessa sotto forma di calore quando il legame si
forma. Per rompere il legame deve essere fornita una quantità di energia (sotto forma di calore
o di radiazione elettromagnetica) pari all'energia di legame.
che cos'è la delocalizzazione e risonanza?
In alcune molecole che possiedono almeno un orbitale pi greco (quindi almeno un
doppio legame) è possibile osservare la delocalizzazione di questo: ovvero l'orbitale pi greco non ha una
posizione definita ma può trovarsi tra due coppie di atomi; l'esempio tipico di questa condizione è dato
dall'acido nitroso (si vedano le formule nel capitolo sul legame chimico). Risonanza è un sinonimo di
delocalizzazione ed indica le due strutture possibili per la molecola, che presentano ciascuna il doppio
legame in una posizione diversa.
Che cosa la fase termodinamica e la relazione con gli stati di aggregazione?
Si definisce fase termodinamica un corpo nel quale le molecole si trovano tutte in
condizione di interagire tra loro. Un liquido o un gas costituiscono ciascuno una fase termodinamica; un
sistema che ha sia il liquido che il gas (ad esempio una bottiglia tappata, piena per metà di acqua e per
metà di aria) è composto da due fasi termodinamiche perché le molecole del gas non possono
direttamente interagire con quelle del liquido. Il concetto di fase non coincide con quello di stato di
aggregazione perché un sistema costituito da due liquidi immiscibili (ad esempio acqua e olio)
è costituito da due fasi, entrambe allo stato liquido.
Cosa sono le diluizioni seriali?
Se una soluzione iniziale che chiamiamo S1 viene diluita con solvente puro si ottiene
una seconda soluzione che chiamiamo S2 a minore concentrazione. Se S2 viene a sua volta diluita con
solvente pure si ottiene una terza soluzione con concentrazione inferiore a quella di S2 che chiamiamo S3.
La ripetizione di questo processo costituisce una diluizione seriale.
Cosa sono l'entropia e l'entalpia e quale è la differenza tra le due?
L'entropia e l'entalpia sono le energie attive nei sistemi termodinamici (o
meglio nel corso dei cambiamenti che avvengono nei sistemi termodinamici). In chimica l'entalpia
è essenzialmente conservata nelle energie di legame tra gli atomi e tra le molecole.
L'entropia è invece una misura del grado di probabilità del sistema considerato e può essere
espressa nella forma di una energia grazie alla legge di Boltzmann. Per domande come
questa, però, è preferibile fare riferimento al contenuto delle dispense che spiegano il
concetto più estesamente.
Qual è la definizione di omeopatia?
L'omeopatia è una complessa teoria medica sviluppata tra la fine del
XVIII e l'inizio del XIX secolo da un medico tedesco di nome Samuel Hahnemann (1755-
1843). Oggi questa teoria è completamente obsoleta e sconfessata. Puoi trovare una
descrizione dei principi della teoria omeopatica su
questo sito web
(seguendo
i links indicati).
Qual è la differenza tra entropia ed entalpia?
Ho risposto a questa domanda poco piu' in alto in questa serie di domande.
Quando si forma l'idrolisi salina?
L'idrolisi salina si verifica quando si discioglie in acqua un sale che nella
sua dissociazione elettrolitica libera o uno ione positivo che e' l'acido coniugato di una base
debole o uno ione negativo che e' la base coniugata di un acido debole. Vada a vedere gli
esempi del cloruro di ammonio e dell'acetato di sodio descritti nella dispensa
sull'equilibrio ionico
.
Cosa si intende per specie intermedia del carbonile idratato quando si parla di emiacetale ed emichetale?
Il carbonile idratato e' un (ipotetico) intermedio di reazione nella sintesi del semiacetale
o semichetale che deriva dalla reazione con l'acqua: R - CHO + H2O <=> R - CH(OH)
2
R - CH(OH)
2
è il carbonile idratato. Dove ha trovato questa molecola? Nelle dispense non
viene spiegata perche' lo stato idratato del carbonile è pochissimo popolato ad equilibrio, puo' essere
ignorato: la reazione procede come se questo stato non esistesse.
Perchè il fruttosio nella forma ciclica ha la forma di un pentano se prima lo scrive in forma
lineare con sei atomi di carbonio?
Il fruttosio ha 6 atomi di carbonio, sia nella forma lineare che in quella ciclica. La forma ciclica
non assomiglia a un pentano perché uno degli atomi dell'anello è un ossigeno anziché un
carbonio. Quindi l'anello ha 4 atomi di C. In aggiunta a questi ci sono altri 2 atomi di C fuori
dell'anello.
Come avviene la sintesi del glicogeno e perche' e' una reazione energicamente favorevole?
La biosintesi del glicogeno avviene in vari passaggi, ciascuno catalizzato da un enzima,
ed e' energeticamente favorevole perche' comporta consumo di ATP. Per riassumere al massimo,
i passaggi della via metabolica sono: glucosio -> glucosio 1-fosfato -> uridina-difosfo-glucosio -> glicogeno.
Qual e' la funzione dell'amminoacil tRNA?
L'amminoacil-tRNA svolge una funzione fondamentale perché 1) possiede
l'antitripletta e quindi riconosce tramite l'accoppiamento delle basi azotate la tripletta sul mRNA;
e 2) trasporta l'aminoacido corrispondente all'antitripletta legato con legame estere all'OH in
posizione 3' del ribosio. Di fatto l'amminoacil-tRNA e' l'unico elemento che veramente
"realizza" il codice genetico (insieme all'enzima amminoacil-tRNA sintetasi che attacca
l'aminoacido giusto al tRA con l'antitripletta giusta): nessun altro elemento del sistema della
sintesi proteica accoppia amminoacidi e triplette nucleotidiche.
Nella glicolisi quali sono le fasi dove avviene consumo di ATP e quelle in cui c'e'
acquisto di atp? e dove si formano le 2 molecole di NADH?
perche' nella fase di rendimento della glicolisi si producono 4 molecole di ATP e 2 di NADH?
Devi fare riferimento allo schema della glicolisi riportato nel materiale disponibile sul sito.
Il consumo di ATP avviene nella conversione del glucosio a gluosio 6 fosfato (catalizzata dall'esochinasi)
e nella conversione del furttosio 6 fosfato in fruttosio 1,6 difosfato (catalizzata dalla fosfofruttochinasi).
Guadagno di ATP si ha nelle conersioni dell'acido 1,3 difosfoglicerico in acido 3 fosfoglicerico e dell'acido
fosfoenolpiruvico in acido piruvico.
La riduzione del NAD a NADH si verifica nella conversione della gliceraldeide 3 fosfato in acido 1,3
difosfoglicerico.
Per il bilancio energetico devi contare l'ATP consumato, e quello prodotto.
Quali sono i prodotti finali del ciclo di krebs?
I prodotti finali del ciclo di Krebs sono CO2, NADH, FADH2 e GTP; però bisogna
evitare questo tipo di domande e riferirsi alla trattazione del ciclo nel materiale didattico.
Cosa la piruvato decarbossilasi?
La piruvato decabossilasi è l'enzima che converte il piruvato in acetil-CoA. La
reazione comporta la produzione di una molecola di CO2 e la riduzione di una molecola di NADH
Qual è la funzione dell'ATPasi?
La funzione dell'ATPasi mitocondriale è quella di trasferire gli ioni idorgeno dallo
spazio intermembranario alla matrice mitocondriale, seguendo il loro gradiente di concentrazione.
Poiché il trasferimento avviene secondo il gradienti di concentrazione, esso è accoppiato alla
fosforilazione di ATP, secondo la reazione: ADP + acido fosforico --> ATP.
Quante molecole di ATP vengono prodotte tra la glicolisi ciclo di Krebs e fosforilazione ossidativa??
Questo e' spiegato nella lezione di Biochimica 2: il bilanco finale massimo e'
di 38 ATP per molecola di glucosio: 2 ATP e 2 NADH nella glicolisi; 2 NADH dalla piruvato
decarbossilasi (per 2 molecole di piruvato); 6 NADH, 2 FADH2 e 2 GTP nel ciclo di Krebs
(per 2 molecole di acetilCoA). Totale 4 ATP/GTP, 10 NADH e 2 FADH2.
Ogni NADH puo' produrre fino ad un massimo di 3 ATP nella fosforilazione ossidativa e ogni
FADH2 fino ad un massimo di 2 ATP. Totale 4 + 10x3 + 2x2 = 38 ATP.
Qual è il bilancio energetico della glicolisi?
Bellelli: il bilancio energetico netto della glicolisi è 2 ATP e 2 NADH per ogni
molecola di glucosio convertita in due molecole di piruvato. Questo tiene conto del fatto che 2
ATP sono consumati nella fase iniziale, ma 4 sono prodotti nella fase successiva.
C'è un sito simile dedicato agli studenti di medicina dove sottoporre le domande?
Bellelli: per il corso di Chimica e Propedeutica Biochimica di Medicina c'è un
sito analogo a questo sulla pagina web dedicata, che viene comunicata all'inizio dei corsi: in
pratica ogni argomento di lezione tra quelli indicati al link:
https://www.andreabellelli.it/html/didattica/bellelli.htm
Per quale motivo la solubilita' di un gas diminuisce all'aumentare della temperatura?
Bellelli: in linea di massima ogni aumento di temperatura favorisce lo stato
piu' disperso del sistema, che corrisponde allo stato in cui le molecole hanno maggiore energia
cinetica. Come l'aumento di temperatura favorisce lo stato gassoso su quello liquido (cioè
favorisce l'evaporazione) così favorisce anche lo stato gassoso rispetto a quello di soluzione del
gas in un solvente liquido. Pero' io sconsiglio di eccedere nell'approfondimento razionale delle
nozioni fornite: in una scienza empirica quello che principalmente conta e' cosa il sistema fa,
non la nostra razionalizzazione del sistema. Molte nostre razionalizzazioni sono semplificate e
trascurano una parte dei parametri effettivamente in gioco. Ad esempio la spiegazione appena
data sulla solubilità dei gas è valida per gas perfetti che si disciolgono nei liquidi senza formare
interazioni con le molecole del liquido; se queste ci fossero (come accade ad es. per la CO2) il
delta H della formazione di queste interazioni andrebbe considerato e potrebbe cambiare la
regola generale.
Come avviene il trasferimento degli elettroni durante le ossido-riduzioni?
Bellelli: in una reazione chimica alcuni legami chimici (cioe' orbitali di
legame) dei reagenti si rompono, mentre altri si formano nei prodotti. In una reazione di
ossido-riduzione si osserva che i legami neoformati, dei prodotti, presentano maggiore
polarizzazione di quelli presenti nei reagenti; cioe' che intervengono tra atomi che hanno
maggiore differenza di elettronegativita'.
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